Operační program Doprava je určen pro projekty, týkající se rozvoje dopravní infrastruktury.
Program je určen pro území celé České republiky kromě území hl. m. Prahy. Pro
tyto projekty je v letech 2007-2013 vyčleněno cca 5,8 mld. € (z finančního hlediska se jedná o největší program).
OP Doprava je rozdělen na 7 prioritních os, které se dále dělí na oblastí podpory:
prioritní osa 1: Modernizace železniční sítě TEN-T
prioritní osa 2: Výstavba a modernizace dálniční a silniční sítě TEN-T
prioritní osa 3: Modernizace železniční sítě mimo síť TEN-T
prioritní osa 4: Modernizace silnic I. třídy mimo TEN-T
prioritní osa 5: Modernizace a rozvoj pražského metra a systémů řízení silniční dopravy v hl. m. Praze
prioritní osa 6: Podpora multimodální nákladní přepravy a rozvoj vnitrozemské vodní dopravy
prioritní osa 7: Technická pomoc